Коли помер Хмельницький, козакам підпорядкувалася більшість земель на правому й лівому берегах Дніпра (колишні Київське, Брацлавське та Чернігівське воєводства), тоді як Галичина та Волинь лишалися у поляків. На підлеглих козакам площею близько 250 тис. кв. Км проживало 1,2 - 1,5 млн. люду. В перші десятиліття після повстання половина землі, що раніше належала Польській короні, стала власністю Війська Запорізького, яке передало більшу її частину самоврядованим селянським поселенням, за що вони сплачували податки. Прибутки з частин цих земель (так званих рангових) ішла на виплату грошей високопоставленим козацьким урядникам, що перебували на службі. Близько 33% землі належало козакам та українській знаті, 17 % були власністю православної церкви.
Козаки швидко свою форму правління. Підпорядковану їм територію було поділено на 16 військових округів, або полків, що відповідали полкам козацького війська. Полковники, що під час воєнних дій командували цими 3-5 тисячними полками, були головними адміністративними та судовими урядниками на відповідній території у мирний час. Територія кожного полку ділилася на сотні, в яких військову та адміністративну функції виконували сотники. Органи управління полками та сотнями розміщувалися у великих містах відповідних земель, що носили їхню назву. На нижньому щаблі цієї адміністративної будови знаходилося окреме містечко чи село, в якому влада належала козацькому отаманові. Спочатку козацькі старшини обиралися козаками відповідних загонів. Проте з часом ці посади стали спадковими.
На верхівці цієї військово-адміністративної системи стояв гетьман. Теоретично він підпорядкувався волі козацької генеральної ради, яка обирала його. Але через швидке збільшення чисельності козаків у 1648 - 1656 рр. проведення цих рад стало недоцільним, тому гетьмани рідко скликали їх. Натомість Хмельницький та його наступники воліли радитися з дедалі впливовішими старшинськими родами. Проте на практиці гетьмани могли вільно здійснювати свої прерогативи і вважалися фактичними правителями України. Крім командування козацьким військом, вони проводили власну зовнішню політику, наглядали за системою управління та судочинства, здійснювали контроль за козацькою скарбницею та земельним фондом. Цей фонд складався з земель, що переважно використовувалися для утримання козацьких урядників, скарбниця одержувала 1 млн золотими злитками від податків, мита й тарифів.
Використовувати покладені на нього функції гетьманові допомагала генеральна старшина, що являла собою поєднання генерального штабу та ради міністрів. Найвпливовішим її членом був генеральний писар, зо встановлював порядок денний засідань ради, складав основні урядові тести та здійснював постійний нагляд за зовнішніми зносинами.
Іншою ключовою постаттю в генеральній старшині був обозний - посада, аналогічна військовому міністрові, - що відповідав за боєздатність 40-60 тис. регулярного козацького війська, включаючи артилерію. Судові справи контролював генеральний суддя, а двох генеральних осавулів та генерального хорунжого гетьман використовував для спеціальних доручень. Хоча Хмельницький та його наступники завжди вважали Київ головним містом України, гетьманський уряд зосереджувався в невеликому козацькому містечку Чигирині, а у XVIII ст. - в Батурині та Глухові. Формально козацька держава й підпорядковані їй землі називалися Військом Запорізьким. Проте московити звичайно вживали для цієї території назву Малоросія, а поляки продовжували називати її Україною.