Польський уряд і шляхта реагували на швидке зростання козацтва розгублено й нерішуче. Шляхті важко було зрозуміти, в який спосіб козаки (а їх ще часто вважали лише збіглими кріпаками) перетворилися на виразно суспільне ціле. Попри властиву їй ворожість до козаків шляхта була не від того, щоб використовувати їх, коли виникла потреба. Урядники, що в мирний час закликали безжалісно винищувати "цю своєвільну голоту", охоче збільшували число реєстрових козаків, пропонуючи їм права, привілеї та плату, коли потрібна була допомога козаків у війнах проти Московії чи Оттоманської Туреччини. Але з відновленням миру ці урядники нерідко зрікалися своїх обіцянок і знову виступали проти козаків. Така непослідовність посилювалася неоднаковим ставленням до козаків, з одного боку, магнатів та старост порубіжжя, які щоденно конфліктували з козаками, а з іншого - королів, котрі вбачали в них джерело досвідченої й водночас дешевої військової сили та потенційну противагу зростаючій могутності східних магнатів. Загострення цих суперечностей було лише справою часу.
Перше козацьке повстання вибухнуло в 1591 р. Тоді саме український шляхтич і гетьман реєстрових козаків Криштоф Косинський отримав від короля землі за службу короні. Не встиг він зайняти їх, Януш Острозький, білоцерківський староста й полонізований нащадок славетного роду, привласнив їх. Розуміючи марність судового позиву на могутнього вельможу, Косинський помстився тим, що напав зі своїми козаками на маєтки Острозького. Незабаром селяни, козаки й навіть військові на Волині, Брацлавщині почали мститися панам за власні кривди. Перелякана шляхта нарешті зібрала військо, але очолив і повів проти двотисячного загону Косинського старший у роді князів Острозьких - Костянтин Костянтинович. У битві на р. П'ятці повстанці зазнали поразки, але покарали їх надзвичайно легко. Реєстрових козаків, що приєдналися до повстання змусили дати обітницю на вірність королеві, а Косинського - тричі вклонитися зібраним для цього членам роду Острозьких і попросити у них пробачення. Трохи згодом його вбили у випадковій сутичці за нез'ясованих обставин.
Не встигло вщухнути останнє відлучення одного, як вибухнуло інше повстання, цього разу ще більше. Очолив його Северин Наливайко, що, за польськими джерелами, був "чоловіком видатної вроди й визначних здібностей… до того ж знаменитий артилерист". Син галицького шевця, котрий загинув від магнатських побоїв, молодий Северин із братом Дем'яном знайшов притулок у маєтку князя Острозького в Острозі. Брат його став священиком і відомим письменником, а Северин вирішив "добувати свій хліб козакуванням". У 1595 р., після вдалого нападу на турків у Молдавії, на чолі 2,5 тис. війська Наливайко повернувся знову на Брацлавщину, але незабаром вступив у конфлікт із місцевою знаттю. Козаки знову повстали проти ненависної шляхти, й знову їм на підмогу прийшли селяни. Ще важливішими було те, що допомогу Наливайкові надали запорожці. Серед невиразно сформованих цілей повстанців було й утворення на Україні землі, якою б правили самі козаки.
В той час як запорожці під проводом Григорія Лободи та Матвія Шаули діяли на Київщині та Брацлавщині, Наливайко пройшов через усю Галичину, Волинь та Білорусь, закликаючи до повстання селян і сіючи жах серед шляхти. Однак, усвідомлюючи перевагу поляків, навесні 1596 р. повстанці об'єднали свої сили й стали відходити на схід, сподіваючись знайти захист у Московії. Вони відбивали атаки поляків аж до травня, але з поширенням голоду та хвороб і зростанням втрат серед них виник розкол. Лободу, що схилявся до переговорів, звинуватили у таємних зносинах із ворогом і вбили. Згодом його прибічники, до яких належали переважно старшини та заможні козаки, нишком видали Наливайка полякам, а повстанців переконали скласти зброю. Скориставшись безладдям, поляки вдерлися до табору і вирізали більшість повстанців. Самого Наливайка відвезли до Варшави і згодом стратили.
У пошуках компромісу. Поляки вважали, що цією перемогою вони розв'язали козацьку проблему, - тим більше, що серед козаків загострювалися внутрішні конфлікти. Заможне реєстрове козацтво в містах загалом схилялося до переговорів і співпраці і Річчю Посполитою, сподіваючись забезпечити свій соціальний статус і спокій, необхідний для дальшого накопичення багатств, нерідко значних за розмірами. Проте більшість козацтва, що складалося з немаєтних запорожців та нереєстрових козаків, над якими постійно нависала загроза повторного закріпачення, вважала, що лише рішучими діями можна завоювати краще становище в суспільстві. Полякам часто вдавалося використовувати суперечності між цими двома угрупуваннями, які нерідко виливались у відкриті сутички.
В цей критичний момент події стали розвиватися у сприятливому для козаків напрямі. На початку XVII ст. Річ Посполита ув'язла в майже безперервні війни й знову звернулася до козацтва як випробуваного воїна. У 1601 р. двотисячний український загін взяв участь у складній для Польщі Лівонській кампанії, а у 1605 та 1609 рр. запорожці брали участь у польській інтервенції в Московію, що була для царства справжнім лихом. Рідко коли на засіданнях сейму польські політики приймали рішення чи висували проекти, що не передбачали використання військового потенціалу козацтва, одночасно ухиляючись від вимог збільшити реєстр та розширити автономію. За таких складних політичних обставин з-поміж козаків, на щастя, знайшовся провідник, котрий відповідав висоті свого завдання.
Гетьман Петро Сагайдачний. Історики загалом погоджуються в тому, що найвизначнішим козацьким гетьманом до Богдана Хмельницького був Петро Кононович Сагайдачний. Бідний шляхтич із м. Самбора в Галичині, він навчався в Острозькій академії, потім вирушив на Запорозьку Січ. Після знаменитого морського походу на Кафу у 1616 р., в якому Сагайдачний здобув собі славу ватажка, його обирають гетьманом. Переконаний у тому, що козаки все ще поступаються силою Речі Посполитій, він зробив примирення з поляками наріжним каменем своєї політики. Він збирав і водив великі козацькі сили на підтримку поляків у безперервних війнах з Москвою та Оттоманською імперією. Прихильник суворої дисципліни, який "щедро проливав кров непокірних йому", Сагадачний поклав край бунтівній вдачі козаків, змусивши їх визнати його зверхність. У 1619 р., щоб уникнути конфлікту з поляками, він погодився скоротити до 3 тис., заборонив несанкціоновані морські походи й визнав право короля затверджувати козацьких старшин.
Однак найвищою заслугою Сагайдачного було те, що він дивився на козаків не лише під кутом зору їхніх особливих станових інтересів, а й як на потенційних рушіїв українського суспільства в цілому. Саме він об'єднав військову силу козацтва з політично українського суспільства в цілому. Саме він об'єднав військову силу козацтва з політично слабкою церковною та культурною верхівкою України. Це об'єднання відбулося в досить ефективний спосіб: у 1620 р. Сагайдачний разом зі всім Запорозьким Кошем вступав до Київського братства. Цей крок мав продемонструвати, що відтак запорожці стають на підтримку релігійних і культурних потреб України.
Того ж року Сагайдачний із православними священиками запрошує до Києва єрусалимського патріарха Феофана для висвячення нових православних ієрархів. Поляки погрожували схопити патріарха Феофана як шпигуна, тому гетьман забезпечив йому охорону. Популярність цього козацького гетьмана такою була великою, що коли у 1622 р. він помер, на похорон прийшли цілі натовпи киян. Ректор Київської братської школи Касіян Сакович написав красномовний панегірик, в якому назвав сагайдачного мудрим ватажком і відданим покровителем православ'я й пов'язав його діяльність із традиціями київських князів. Козацтво з усією очевидністю ввійшло в нурт життя українського суспільства.
Інші повстання. Після смерті Сагайдачного конфлікти знову стали основною рисою польсько-литовських взаємин. Спочатку здавалося, що їх можна було уникнути, бо найближчі наступники померлого гетьмана Оліфер Голуб та Михайло Дорошенко були водночас його близькими однодумцями й поділяли принципи політики примирення. Але після битви під Хотином у 1621 р. серед козацтва, й особливо нереєстрового, зростало невдоволення, оскільки загартоване в боях 40-тисячне козацьке військо поверталося на Україну без усякого наміру знову стати кріпаками, як того вимагав уряд, але водночас і без надії на те, щоб бути включеними до реєстру. Частина з них збиралася на Запорозькій Січі, в той час як більшість поверталося до своїх міст і сіл. Вони лише чекали нагоди, аби дати волю своєму невдоволенню. В середині 1620-х років, намагаючись спрямувати їхній запал в інше річище, Дорошенко організував ряд морських походів проти турків, повідомивши мусульман, що "[польський] король [може] й міг замиритися з вами, тільки не ми". Вперше козаки були втягнуті у внутрішні чвари в Криму, підтримуючи настроєного проти турків претендента не ханський трон.
Поляків дуже дратувало те, що козаки вважають себе чимось на зразок держави в державі. Король скаржився в сеймі: "знову на передній план виходить внутрішня анархія, котра породжує ускладнення і втягує нас у конфлікти з могутніми сусідами. Ігноруючи забов'язання вірності й служіння своїм панам, вони встановили власний порядок і загрожують життю і майну невинних людей. До того ж їм підкоряється вся Україна". Вирішивши застосувати до козацтва політику "твердої руки", але її проведення уряд призначив гетьманом Станіслава Конєцпольського - рішучого й досвідченого полководця, який мав величезні маєтки на Україні. У 1625 р. на чолі восьмитисячного війська Конєцпольського вирушив на Україну. Із Запорозької Січі йому назустріч вийшло шеститисячне козацьке військо на чолі з Марком Жмайлом. Після кількох невдалих боїв із поляками запорожці знову обрали гетьманом поміркованого Дорошенка й розпочали з ними переговори, що завершилося компромісом. Реєстр було збільшено до 6 тис., і це імпонувало внесеним до нього заможнім (і "більш заслуженим") козакам, але переважна частина рядового козацтва мала повернутися під владу панів.
Із завершенням складання реєстру Дорошенко взявся кдосконалювати організаційну структуру 6 тис. "законних" козаків. Він поділив їх на шість полків з осередками у Києві, Каневі, Корсуні, Білій Церкві, Переяславі та Черкасах. Кожний полк поділявся на сотні з осередками в менших містечках, розташованих на полковій території. Цивільна і військова влада над усіма козаками відповідної території належала козацьким старшинам, у той час як загальне управління здійснював гетьман із своєю канцелярією. Він обирався козаками й затверджувався королем. Так реєстрові козаки вдосконалювали своє самоуправління попри пильний нагляд поляків. На відміну від них Запорозька Січ - цей бастіон войовничих і "незаконних" козаків - хоч і формально підпорядковувалася гетьманові, де-факто зберігала автономію.
Давши згоду на збільшення реєстру, поляки сподівалися, що реєстрові козаки контролюватимуть інших. Коли у 1625 р. гетьманом обрали Грицька Чорного - виразника пропольських настроїв, Річ Посполита, здавалося, нарешті знайшла ідеально слухняну людину. Проте, намагаючись догодити урядові, він викликав серед козаків таку лють, що на початку 1630 р. загін запорожців викрав Чорного на Січ, де його судили й стратили. Тоді запорожці та неєрестровці обрали новим гетьманом відважного Тараса Федоровича (прозваного Трясилом), який повів у старостівські землі велике повстанське військо. І знову Конєцпольський на чолі королівського війська і реєстрових козаків був змушений розпочати виснажливу воєнну кампанію. Цього разу йому щастило менше, ніж раніше, й у серпні в укладеній у Переяславі угоді повсталі козаки добилися несподівано великих поступок: реєстр збільшувався до 8 тис., Трясило уникнув покарання, а повстанцям дарувалася амністія. Проте нерозв'язаними лишалися пекучі проблеми нереєстрового козацтва, що призвели до повстання.
У 1635 р. Річ Посполита вдалася до нових методів приборкання непокірних козаків. На Дніпрі, на півночі від Січі, поляки збудували грізну фортецю Кодак, що мала стояти не перешкоді запорожцям. Але за кілька місяців до закінчення її спорудження загін козаків на чолі з Іваном Сулимою зруйнував фортецю й знищив усю її залогу. Проте жменька реєстрових козаків, прагнучи вислужитися перед поляками, видала Сулиму королівським властям, які засудили його до страти. Незабаром, у серпні 1637 р., в боротьбу з поляками вступило ще одне козацьке військо на чолі з Павлом Павлюком. До Павлюкових сил, що рухалися із Січі на північ, приєднувалися великі групи селян Правобережної України та щойно освоєного Лівобережжя. Але знову перехитрили вдалим маневром на відкритій місцевості, й у грудні 1637 р. під Кумейками, біля Чигирина, польська армія завдала їм рішучого удару. Проте ця поразка ще не стала кінцем повстання, яке продовжувалося на Лівобережжі під проводом Яцка Острянина та Дмитра Гуні аж до остаточного придушення влітку 1638 р.
Сповнені жалобою помсти, поляки тепер не збиралися торгуватися. Натомість вони диктували свої умови. За "ординацією" (законом, ухваленим сеймом) реєстр зменшувався до 6 тис. і навіть реєстрові козаки втрачали право на самоврядування. Скасовувалася посада гетьмана, а натомість вводилася посада польського старости, затвердженого королем. Козацькі полковники та осавули тепер мали обиратися із шляхти. Суворо обмежувалася територія розселення козаків, а кожний, хто без дозволу намагатиметься втекти на Січ, карався на смерть. Тисячі козаків, не внесених до реєстру, оголошувалися кріпаками. На додаток до цих драконівських заходів магнати, зокрема Ярема Вишневецький - найбагатший на Україні землевласник, - установили в країні жорстокий терор, без розбору мордуючи кожного, на кого падала підозра в непокорі. Ось як цинічно польська знать виявляла своє розуміння козацького питання: "Козацтво - це нігті в організмі нашого суспільства, вони надто швидко відростають і тому потребують частого підстригання". І насправді, протягом наступних десяти років небувалого спокою та слабкості, що їх польські історики часто називають "золотим спокоєм", здавалося, ніби репресії - найефективніший спосіб взаємин із козаками.
Тут важливо розглянути причини, з яких п'ять згаданих великих козацько-селянських повстань, що відбулися на Україні за 45-річний період, не мали успіху. Великою мірою причиною цих невдач було те, що, незважаючи на провідну роль козацтва у повстаннях, багато їх учасників були селянами, й тому самі повстання характеризувалися рядом недоліків, притаманних усім селянським виступам. Вибухаючи, як правило, стихійно, ці повстання не були ретельно сплановані та не мали далекосяжних цілей. Крім бажання негативно помститися за кривди, ні козаки, ні селяни не мали уявлення про те, чого вони прагнуть. Попри величезну відвагу повстанці нерідко виявляли обмеженість і робили помилки ц воєнних діях, оскільки селяни не бажали воювати поза межами своєї місцевості або під час сівби чи жнив. Непослідовність дій поглиблювалося соціально-економічними відмінностями у середовищі козацтва: не маючи чого втрачати, рядове козацтва, як правило, одразу йшло н повстання, в той час як заможна старшина частіше схилялася до переговорів, компромісів чи капітуляції. Однак, незважаючи на ці недоліки, кожне наступне повстання свідчило про зростання сили та військового досвіду повсталих. Збільшувалася їхня чисельність, удосконалювалася тактика, міцнішав зв'язок козацтва із селянами та справою оборони православ'я. Десятирічний "золотий спокій" лише тимчасово приховав конфлікт, що от-от мав знову вибухнути.