Поняття про атом як про найменшою неподільною частини матерії було вперше сформульовано давньоіндійськими і давньогрецькими філософами (див.: атомізм). У XVII і XVIII століттях хімікам вдалося експериментально підтвердити цю ідею, показавши, що деякі речовини не можуть бути піддані подальшому розщеплення на складові елементи за допомогою хімічних методів. Проте в кінці XIX - початку XX століття фізиками були відкриті субатомні частинки і складова структура атома, і стало ясно, що атом насправді не є неподільним.

На міжнародному з'їзді хіміків у Карлсруе (Німеччина) в 1860 році були прийняті визначення понять молекули й атома. Атом - найменша частка хімічного елемента, що входить до складу простих та складних речовин.