Его мать, Эльвира – домохозяйка и социальный работник, а отец – управляющий в супермаркете. У них была большая семья, и Марлон - самый младший среди десяти детей. Все члены семьи являлись приверженцами религии Свидетелей Иеговы. Повзрослев, каждый ребенок стал по-своему успешен, но в основном в комедийном кино, более того, весь мир знает их как братьев Уэйанс. Не удивительно, что Марлон посещал музыкальную школу "Fiorello H. LaGuardia High School of Music & Art and Performing Arts", которая прославилась числом выпущенных знаменитостей. Там же парень окончил школу искусств, а затем продолжил изучение кино в Гарвардском университете.

Актер и его подруга Анжелика Заккари воспитывают двух детей – сына Шона Хауэлла и дочь Эрнай Заккари. В остальном же Марлон Уэйанс, как и многие известные люди, старается не выносить на публичное обсуждение свою личную жизнь.