Родилась в конце Восстания Роберта Баратеона в бурю на Драконьем Камне, куда беременная королева, ее мать, бежала незадолго до паденияКоролевской Гавани и смерти короля Эйриса. Во время родов погибла мать Дэйнерис и остатки флота Таргариен. Гарнизон Драконьего Камня решил сдаться на милость Станнису Баратеону и преподнести ему последних из рода Таргариен, однако сир Виллем Дарри, бывший мастером над оружием в Красном замке, и еще четверо преданных людей, прихватив детей, бежали в Браавос.
Старый Виллем Дарри разместил детей у себя в браавосском доме, и они жили под его присмотром несколько лет вплоть до его смерти, когда дети были выставлены слугами за дверь. Долгое время Дейенерис скиталась с братом по Вольным городам, безуспешно выпрашивая армию, чтобы отвоевать Семь Королевств, пока в конце концов они не были приняты в доме Иллирио Мопатиса, магистра Пентоса. Здесь Визерис непрерывно мучил сестру, обвиняя ее во всех бедах: в смерти отца, брата, матери, в нищете и невзгодах, которые им обоим пришлось пережить.
В этом смысле предложение Иллирио (точнее его решение, поскольку отказать было невозможно) стало избавлением для Дейенерис: она стала невестой кхала Дрого, который пообещал Визерису военную помощь в реставрации династии Таргариен. Во время первой встречи с женихом Дени познакомилась с сиром Джорахом Мормонтом, который предложил свой меч ее брату и стал их постоянным спутником. На свадьбе она получила в подарок от Иллирио три драконьих яйца, а также трех служанок: дотракиек Ирри и Чхику, лиссенийку Дореа, а также кобылу Серебрянку от Дрого.
Хотя поначалу Дени боялась своего мужа - человека других традиций и обычаев - тем не менее, страх вскоре прошел и уступил место преданной любви. Став кхалиси, Дени пересилила также робость в отношении со своим старшим братом-тираном. Так, в степи, называемой Дотракийском море, она поссорилась с ним и приказала ему возвращаться в кхаласар пешком. К ней пришло понимание того, что Визерис никогда не станет достойным королем.
В Вейес Дотрак, куда кхал Дрого привез свою молодую жену, Дени прошла ритуал, в ходе которого должна была съесть сердце дикого жеребца. Дош кхален предсказала, что Дени суждено родить сына - Жеребца, который покроет мир.
Дени приняла решение наречь сына Рейего в честь Рэйгара Таргариена, погибшего от руку Узурпатора, Дрого одобрил ее решение. Однако время шло, а Визерис так и не получил обещанной армии; его сестра стала кхалиси, а он так и остался попрошайкой. На одном из пиров пьяный Визерис пообещал вырезать Рейго из чрева Дени и подарить Дрого, за что был коронован расплавленным золотом. Со смертью Визериса, кхал решил оставить затею о нападении на Вестерос, однако после неудачной попытки отравления, Дени узнала, что Роберт Баратеон предложил владения и титул лорда тому, кто убьет ее с братом и сыном. После этого Дрого поклялся подарить Семь Королевств Рейго и заставил отравителя волочиться за лошадью Дени, пока от него ничего не осталось.
После завоевания города лхазарян Дени стараласть защитить пленниц от насилия. Сир Джорах отметил, что она истинная сестра Рейегара. Одна из спасенных пленниц - мейега Мирри Маз Дуурпредложила вылечить раны Дрого и согласилась присмотреть за Дени во время родов. Однако Дрого отказался следовать лечению мейеги и вскоре ему стало так плохо, что он не мог взойти на коня. Воспользовавшись доверием кхалиси, Мирри Маз Дуур объявила, что только кровью можно выкупить жизнь, и Дени согласилась на ритуал магии крови, во время которого она потеряла дитя и саму возможность впердь иметь детей. В замен же она получила Дрого, ушедшего в себя, точно живой мертвец, и ослабевший кхаласар. Осознав, что случилось, Дени задушила Дрого подушкой, приказала сложить костер, положила в него свои драконьи яйца и сожгла на нем, тело мужа, обманщицу-мейегу, и, когда огонь разгорелся, взошла на костер сама. И впервые за последние сотни лет ночь ожила музыкой драконов. Так Дейенерис получила прозвище Матерь Драконов, а те из дотракийцев, что видели, как родились драконы, стали ей беззаветно преданы. Драконы Дейнерис получили имена Дрогон (черный), Рейегаль (зеленый) и Визерион (золотой)
