Это история, рассказанная от лица девочки по имени Сюзи Сэлмон, которая в возрасте 14 лет была изнасилована, убита и расчленена человеком, жившим по соседству. Преступление совершается на самых первых страницах книги, его дата — 6 декабря 1973 года; следующие несколько лет Сюзи, попавшая в свой персональный рай, наблюдает за жизнью своих близких и убийцы и размышляет об их судьбах. Сюзи не может повлиять на происходящее в её отсутствие на Земле, однако несколько раз ей удаётся на короткое время появиться перед своими родными, и более того, однажды девочка вселяется в тело девушки Рут для того, чтобы заняться любовью с ухаживавшим за ней некогда парнем. Сюжет романа носит линейный характер: почти всё повествование сводится к тому, что Сюзи, видя «сверху» то, что происходит после её смерти, комментирует происходящие, иногда с краткими экскурсами в прошлое или будущее. История, начинаясь с гибели Сюзи, следует через распад семьи Сэлмон и завершается рождением ребёнка у Линдси, младшей сестры Сюзи.
«Милые кости» означают те новые связи и взаимоотношения, которые возникают в семье Сюзи и у близких ей людей после её смерти. В конце романа, когда после смерти героини проходит 10 лет и семья Сэлмон воссоединяется, Сюзи говорит:
«На месте пустоты, возникшей с моей гибелью, постепенно вырастали и соединялись милые косточки: одни хрупкие, другие — оплаченные немалыми жертвами, но большей частью дорогие сердцу. И я увидела вещи в ином свете: мне открылся мир, где нет меня. Обстоятельства, причиной которых стала моя смерть, — те самые косточки — обещали когда нибудь обрасти плотью, стать единым телом. Ценой этому волшебному телу была моя жизнь.»