Из летописей известно, что старинное казенное село Кондаково возникло близ реки Устье, при прудах, в незапамятные времена и в середине XIX века входило в состав Угличского уезда.
В веси Кондакове в июле 1548 года родился будущий великий подвижник преподобный Иринарх. Здесь прошли 18 лет его юной жизни, наполненной молитвой и воздержанием
Стремясь к уединению для молитвы, он часто уходил в глухие места. Одно из таких мест впоследствии стало знаменитым на всю Россию – колодчик, вырытый его руками в лесной чаще вблизи Кондаково, обладает целебными свойствами и привлекает множество паломников и по сей день.
Еще при жизни преподобного было многолюдно у этого колодчика. А по его кончине установилась традиция приходить сюда крестным ходом из Борисоглебского монастыря. Крестный ход продолжался целую неделю. Монастырская братия и многочисленные паломники шли от храма к храму: Литургия, молебен, лития и дальше, к следующему храму, с остановками на ночлег. Известно, что уже тогда люди съезжались сюда со всех концов Русской земли. В крестном ходе участвовали и люди, «известные в государстве». Эта благочестивая традиция была прервана октябрьским переворотом и возобновилась с возрождением Борисо-Глебского монастыря. С 1997 года Иринарховский крестный ход стал ежегодным. В 2008 году он прошел уже в двенадцатый раз.
У колодчика в старину было все благоустроено, с горы спускалась лестница железная с приступочками, по ним было легко спускаться. И место было хорошо расчищено, народу на молебны собиралось очень много. Говорят, что и дорога к колодчику от Угличского тракта тогда была настолько хороша, что женщины могли ступать по ней в туфельках.
Еще в конце XVIII века в Кондаково стояли два деревянных храма. Один из них был разрушен в 1830 году. В 1804 году была построена ныне существующая каменная церковь Рождества Христова с приделами Смоленской иконы Божией Матери и Святителя Николая чудотворца. Средства на строительство церкви пожертвовал петербургский купец Савелий Петров Королев (его жена была родом из этих мест).
С древних времен село Кондаково с прилегающими к нему деревнями было вотчиной Московского Ново-Девичьего монастыря. Чтимой святыней храма была Смоленская икона Божией Матери, написанная царевной Софьей для этого храма.
Согласно устному преданию дом родителей будущего подвижника Акиндина и Ирины находился против западных дверей храма (тогда еще деревянного), стоящего несколько севернее настоящего каменного.
Могила отца преподобного Иринарха Акиндина, погребенного вблизи деревянного храма, при постройке нового каменного оказалась под амвоном придела Святителя Николая Чудотворца.
В 1872 году осуществилось давняя мечта прихожан Кондаковского храма иметь у себя часть вериг преподобного Иринарха-затворника. По их прошению архиепископ Нил (Исакович) благословил передать из Борисо-Глебского монастыря для вечного хранения тяжести железные затворника Иринарха. Сохранился акт передачи этой святыни, где названо, что именно передано: железный парамон весу 21 ф.; конец цепи с кольцом весу 9 ф., длиною два аршина шесть вершков; конец цепи без кольца весу 10 и три четверти ф., длиною два аршина тринадцать вершков; железная палочка весу 3 ф., длиною 13 верш; крест медный, длиною два вершка, шириною полтора вершка. Случилось это важное в жизни прихода событие при Борисо-Глебском архимандрите Евангеле и настоятеле Кондаковского храма священнике Иоанне Мансветове.
После закрытия Кондаковского храма в 1931 году эту часть вериг из Кондаковского храма перевезли в храм с. Губачево, а после закрытия и этого храма святыня оказалась в Угличском музее. Здесь и обнаружил их наместник возрожденного Борисо_Глебского монастыря игумен Иоанн в 1999 году.
С возрождением Борисо-Глебского монастыря в Кондаковскую церковь стала приписной монастырю, и сюда тоже вернулась молитва – братия монастыря служит Божественную литургию в воскресный день ежегодного Иринарховского крестного хода. В церкви начаты реставрационные работы, на колокольню 20 апреля 2006 года водружен новый золоченый крест, изготовленный на средства благотворителей.