Сцена, которая заставляет Вас плакать.
Наверно, это три сцены, все практически одинакового характера. Сцены, подчеркивающие одиночество Доктора.
Конец путешествия
Доктор видит, что все его спутники кого-то себе нашли, они не одиноки. Он оставляет второго Дока с Розой и стирает память Донны. 
И все. Он покинут.
Следующий Доктор
Диалог в самом конце
— Скажите мне одну вещь: во всей жизни Доктора, которую я видел, Вы никогда не были один. Все эти прекрасные, блестящие спутники, но больше их нет?
— Нет
— Могу я спросить почему нет?
— Они уходят. Потому что должны. Или они находят кого-то. А некоторые из них… Некоторые из них забывают меня. Думаю, в итоге… Они разбивают мне сердце.
и Конец времени.
Сцена в кафе, когда Уинстон говорит "Но Донна, моя Донна, она бы тебя рассмешила!" - это было жестоко.
Окончательно Док прощается со своей расой.
Сцена прощания со всеми бывшими спутниками.
И изменение дизайна ТАРДИС. Хотя, в принципе, ТАРДИС в любом виде хороша.
Омг, это все было так давно…