Учеников могут оставить после уроков. В прошлом, если верить завхозу Аргусу Филчу, оставленным после уроков назначали пытки, например, зажимание больших пальцев в тиски или подвешивание в кандалах к потолку за ноги. На момент повествования ученики, оставленные после уроков, должны помогать преподавателям или персоналу в скучной или опасной работе. Интересно, что в первой книге Гарри и его друзья, обнаруженные ночью вне замка, в наказание были посланы также ночью в ещё более опасное место — Запретный Лес.
В пятой книге Долорес Амбридж, назначенная Министерством магии Главным инспектором Хогвартса, заставила Гарри Поттера писать заколдованным пером, которое одновременно с письмом на пергаменте выцарапывало написанное на его руке (жуткая вариация «писания строчек» — обычного наказания в английских школах). В той же книге Амбридж дала Филчу разрешение на розги, но неизвестно, применял ли он их.
Профессора могут снимать баллы или оставлять после уроков как за дисциплинарные нарушения, так и за плохие результаты в учёбе. Вне класса поддерживать дисциплину помогают старосты. В случае каких-либо споров окончательное решение принимает декан факультета.
Серьёзные дисциплинарные нарушения могут караться отчислением из школы. Гарри Поттера угрожали исключить дважды: на 2 курсе, когда он вместе с Роном Уизли прилетел в школу на летающем Ford Anglia, что привело к нарушению секретности (автомобиль видели маглы) и нанесению ущерба Гремучей иве, в которую их форд врезался при посадке, и на 5 курсе, когда он вызвал Патронуса вне школы. В первом случае вопрос об исключении решала декан его факультета (не исключён, но получил предупреждение), во втором — Визенгамот (оправдан). Единственным известным случаем исключения из Хогвартса было исключение Хагрида за владение акромантулом и за открытие Тайной Комнаты, что привело к убийству Плаксы Миртл. В действительности Хагрид не открывал Тайную Комнату, а его акромантул не убивал ни Плаксу Миртл, ни других людей: эти преступления совершил Том Реддл, обвинив в них Хагрида.
В конце книги «Гарри Поттер и философский камень» сказано, что студента могут выгнать за плохую учёбу: этой участи едва избежал Гойл. Наказание подразумевает, что студент слишком глуп или слишком слаб в магии, чтобы стать волшебником или волшебницей. Они уезжают из школы, и у них переламывают палочку, запрещая колдовать.